Следующие службы, которые работают на Exchange 2000, являются несовместимыми и должны быть удалены или оставлены функционировать на системе Exchange
2000:
• Сервер конференций (Exchange Conferencing Server).
• Службы интерактивной переписки (Chat) и моментального обмена сообщениями (Instant Messenger).
• Сервер управления ключами (Key Management Server).
• Сервер мобильной информации (Mobile Information Server - MIS).
• Соединители cc:Mail и MS Mail. 
С любого обновляемого сервера Exchange 2000 перед началом миграции следует удалить указанные службы, если они на нем выполняются. При наличии потребности в них можно оставить один действующий сервер Exchange Server 2000. При таком сценарии почтовые ящики на системах Exchange Server 2003 по-прежнему будут иметь доступ к функциональным возможностям упомянутых служб.
Усовершенствованные возможности развертывания Exchange Server 2003
Большинство различий между Exchange 2000 и Exchange Server 2003 касаются вопросов развертывания сервера. Процессы внедрения серверов Exchange значительно упрощены и оптимизированы по сравнению с процессом развертывания Exchange 2000. В отличие от большинства Microsoft-приложений, процесс внедрения Exchange 2000 не был прямолинейным и включал целый ряд опций установки в режиме командной строки и трудных для понимания процедур. Хотя модель установки Exchange Server 2003 существенно улучшена, не исключена возможность изменений, которые могут негативно сказаться на функционировании текущего сервера. Чрезвычайно важно обратить внимание на все основные отличия в процессе установки системы Exchange, чтобы более тщательно продумать сценарий обновления версий. Ниже пред­ставлен перечень основных изменений для процесса установки.
• Инструменты развертывания. Диск Exchange Server 2003 включает набор мощных средств развертывания, которые проводят администратора через весь процесс внедрения Exchange Server 2003 при самых разнообразных сценариях. Пошаговый метод, используемый данными инструментами, помогает избежать наиболее типичных ошибок и сокращает риск, связанный с внедрением Exchange.
• Усовершенствованные модульные права. Exchange Server 2003 более разумно распоряжается правами по установке, позволяя полным администраторам Exchange (Exchange Full Administrator) на уровне административной группы устанавливать Exchange и не перезаписывая указанные полномочия каждый раз, когда инсталлируется новый сервер.
• Интеллектуальная установка. В Exchange Server 2003 улучшены интеллектуальные функции процесса установки - производится контроль типичных ошибок, таких как перемещение или переименование групп Exchange, а расширение схем, необходимое для компонентов ADC и Setup, объединяется в один процесс. Кроме этого, во время инсталляции сервера Exchange использовать главную роль схемы Operations Master (OM) Role не нужно.
• Ограничения по умолчанию для общедоступных папок и размеров сообщений. В Exchange Server 2003 для всех общедоступных папок устанавливается ограничение в 10 Мб, помимо максимального размера сообщений, также составляющего 10 Мб. Если только пользовательские настройки уже не применялись в Exchange 2000, независимо от пожеланий, Exchange Server 2003 будет устанавливать по умолчанию указанные значения. 
• Производится конфигурирование и установка параметров безопасности для служб IIS. При обновлении системы Exchange 2000/Windows 2000 до Exchange Server 2003/Windows Server 2003, выполняется обновление и установка параметров безопасности для служб IIS. Однако во время этого процесса некоторые IIS-приложения могут дать сбой. Поэтому перед началом миграции должны быть проведена тщательная проверка служб IIS, чтобы убедиться, что процедура организации защиты не повлияет на их текущие функциональные возможности.
• Устанавливаются компоненты ActiveSync и OWA. Exchange Server 2003 производит автоматическую установку компонентов, необходимых для поддержки Outlook Mobile Access (OMA) и службы Exchange ActiveSync.