Для любого оставшегося сайта Exchange 5.5, который не будет переноситься в Exchange Server 2003, следует обязательно удалить все соединители репликации каталогов.
Для удаления всех указанных соединителей воспользуйтесь системным диспетчером Exchange. Откройте системный диспетчер Exchange и разверните ветвь Tools. Щелкните на инструменте Site Replication Services и в меню View выберите пункт Directory Replication Connector View. После этого все соединители репликации каталогов сайта Exchange 5.5 будут отображаться в контейнере Site Replication Services. Последовательно выделяйте каждый соединитель и нажимайте клавишу <Delete>.
Затем активизируйте репликацию, чтобы начать удаление соединителей репликации каталогов в диспетчере Active Directory Connector Manager, используя опцию Replicate Now. Убедитесь, что указанные соединители удалены, открыв системный диспетчер Exchange на другой системе Exchange Server 2003 и просмотрев список соединителей. Если соединитель репликации каталогов отсутствует, значит репликация удалений прошла успешно.
Удаление всех серверов Exchange 5.5 в организации
Когда в серверах Exchange 5.5 необходимости больше нет, их следует удалить с помощью программы установки Exchange 5.5. Последним удаляется сервер, который на сайте был первичным, или тот, который содержит компоненты такого сервера.
После того, как все серверы удалены, последний из них потребуется удалить вручную из иерархии Exchange. Для этого с помощью программы Exchange 5.5 Administrator следует подключиться к системе Exchange Server 2003, на которой выполняется служба Site Replication Service, и вывести список серверов сайта. Выделите сервер, который следует удалить, а затем в меню Edit (Редактировать) выберите пункт Delete ( Удалить). Появится предупреждение о том, что сервер может содержать почтовые ящики или соединители. Щелкните на кнопке Yes (Да), чтобы осуществить удаление. Появится еще одно предупреждение о том, что сервер может хранить копии общедоступных папок. Щелкните на кнопке Yes еще раз.
Следующее, что потребуется предпринять, это запустить репликацию через ADC для всех соглашений о соединениях на сайте, используя опцию Replicate Now. Убедитесь, что сервер был удален из Active Directory, прежде чем удалять соглашения и соединитель ADC. Сервер не должен отображаться в системном диспетчере Exchange.
Удаление соединителя ADC
Откройте диспетчер Active Directory Connector Manager и удалите все соглашения о соединениях. Если последние не удалены, членство в группах распределения может быть утеряно.
Когда удалены все соглашения о соединениях и в соединителе Active Directory Connector необходимости больше нет, деинсталлируйте его через панель управления (с помощью оснастки Add/Remove Programs (Установка и удаление программ)). Также не забудьте деактивизировать или удалить учетную запись службы ADC, если только она не используется для других служб. 

Удаление служб SRS
Службы Site Replication Services (SRS) удаляются последними, перед переходом в режим Native Mode. Чтобы удалить SRS, откройте системный диспетчер Exchange и разверните ветвь Tools. Щелкните на инструменте Site Replication Services. Далее щелкайте правой кнопкой мыши на каждой SRS-службе и выбирайте в контекстном меню пункт Delete.
Включение режима Native Mode
После переключения на режим Native Mode обратного пути к смешанному режиму нет, поэтому организация должна быть абсолютно уверена в совершении подобного перехода. Когда все предварительные шаги выполнены, кнопка Change Mode на странице свойств организации в системном диспетчере Exchange, становится активной. Чтобы переключиться на режим Native Mode (Exchange Server 2003), потребуется выполнить перечисленные ниже действия.
1. Откройте системный диспетчер Exchange.
2. Щелкните правой кнопкой мыши на названии организации и выберите в контекстном меню пункт Properties (Свойства).
3. Откройте вкладку General и щелкните на Change Mode ниже раздела Change Operations Mode (Изменение режима функционирования). Щелкните на кнопке Yes, чтобы навсегда изменить режим на Native Mode.
После перехода в Exchange Server 2003 на режим Native Mode административные группы будут всегда отображаться в организации. Администраторы могут выбрать, де-активизировать или отобразить группы маршрутизации.