Модификации подверглись две основных области Exchange Server 2003. Первая -это область доступа и соединения пользователей. Потребности большинства организаций возросли, и их больше не устраивает низкая скорость при удаленном доступе к электронной почте и ограниченность функциональных возможностей в условиях командировок. Поэтому большая часть изменений Exchange Server 2003 затронула сферу различных подходов к электронному доступу и возможностям соединения. Изменения в этой области коснулись следующих моментов:
• Outlook Web Access (OWA). Клиент Outlook Web Access сейчас почти ничем не отличается от той версии, которая впервые появилась в Exchange 5.5. Усовершенствования по сравнению с клиентом Exchange 2000 OWA тоже впечатляют: поддерживаются практически все функции стандартного клиента Outlook. Причем, на первый взгляд, разница между ними вообще не заметна.
• Outlook Mobile Access (OMA). Клиент Outlook Mobile Access был разработан, чтобы заполнить обширные и постоянно растущие потребности в доступе к электронной почте с мобильных телефонов, пейджеров и персональных цифровых помощников. Так как размеры экранов данных клиентов значительно меньше, а стандарты соединения различны, был создан почтовый клиент, который наиболее соответствует существующим требованиям. Клиент OMA упрощает и улучшает доступ с этих клиентов к почте Exchange, а также вносит дополнительную возможность доступа и в саму систему Exchange.
• Усовершенствования Outlook 2003, связанные с автономной работой. Одна из главных модификаций доступа с помощью клиентов для Exchange 2000 связана с улучшениями тяжеловесного клиента Outlook. Кроме улучшенного сжатия MAPI, Outlook 2003 существенно облегчает работу через низкоскоростные соединения и в автономном режиме, что, в свою очередь, делает доступ к Exchange с удаленных расположений более осуществимым. К тому же, концепция "RCP через HTTP" разрешает доступ Outlook 2003 к данным посредством портов HTTP или HTTPS, уменьшая тем самым потребность в работе через громоздкие виртуальные частные сети (VPN).
Второй областью Exchange Server 2003, претерпевшей изменения, являются улучшения внутренних, или серверных приложений. Незаметные для конечных пользователей, они, тем не менее, значительно упрощают работу администраторов Exchange. Ниже перечислены основные улучшения.
• Новые инструментальные средства разворачивания. Одной из главных проблем, возникших у Microsoft касательно Exchange 2000, стала жесткая кривая обучения внедрению этой системы. В целом установка продуктов компании Microsoft всегда выполняется достаточно легко, благодаря мастерам, направляющим пользователя по верному пути. В случае с Exchange 2000, однако, процесс установки усложняется за счет необходимости дополнительного запуска утилит forestprep и domainprep в командной строке, установки вручную соединителя Active Directory Connector ADC, появления запутанных понятий типа Config_CA, Site Replication Service (Служба репликации сервера), а также необходимости расширения схемы. В Exchange Server 2003 все эти требования по-прежнему присутствуют, но вот средства, с помощью которых они реализуются, значительно усовершенствованы. Пошаговый мастер Exchange Deployment Wizard (Мастер разворачивания Exchange) проводит администратора через весь процесс инсталляции, сводя к минимуму возможность внесения ошибок и возникновения проблем, связанных с основными каталогами. 
• Усовершенствованные инструментальные средства администрирования.
Команда разработчиков Exchange Server 2003 учла все пожелания администраторов, работающих с платформой Exchange, и существенно улучшила функциональные возможности инструмента администрирования, называемого системный диспетчер Exchange. Были модернизированы технологии просмотра очередей, инструменты перемещения почтовых ящиков и функциональность динамических списков распределения. Кроме того (бурные и продолжительные аплодисменты!), появилась возможность запуска системного диспетчера Exchange под управлением операционной системы Windows XP, что в значительной мере облегчает жизнь администраторов Exchange.
• Резервное копирование и восстановление баз данных. Функциональные возможности общего резервного копирования и восстановления данных в Exchange Server 2003 были существенно усовершенствованы. Модернизацию претерпели такие инструменты, как Volume Shadow Copy Service (Служба создания фоновой копии тома), Mailbox Recovery Center (Центр восстановления почтовых ящиков) и Recovery Storage Group (Группа восстановления хранилищ), которые отвечают за упрощенные и улучшенные функциональные возможности резервного копирования и восстановления данных в Exchange Server 2003.
Для любого проекта на базе Exchange очень важно внедрить все указанные выше усовершенствования, поскольку часто именно на них зиждится сам процесс проектирования.